Java

A opção -d do compilador serve para indicar o destino dos arquivos .class gerados. Assim,

javac -d classes com/MyClass.java

irá colocar o arquivo MyClass.class gerado pelo compilador na pasta classes.

Vamos agora supor que MyClass.java pertence ao pacote com.acme. Sua declaração seria a seguinte:

package com.acme;

public class MyClass{...}

Neste caso, o comando

javac -d classes com/acme/MyClass.java

vai colocar o arquivo MyClass.class em classes/com/acme, quer as pastas com e com/acme existam ou não. Caso não existam, ele irá criá-las. O diretório classes, no entanto, precisa existir, caso contrário o compilador irá gerar um erro.